Avant d'être une seigneurie féodale, Colombier fut le siège d'une villa romaine. C'est en août 1840 que des ouvriers découvrirent la trace de cette occupation, en l'occurrence la tête d'une colonne de roc. On entreprit des fouilles et on conclut qu'il existait jadis des constructions d'origine romaine remontant aux premiers siècles de notre ère. Cet établissement aurait compris un castrum formant un vaste parallélogramme entouré de fortes murailles, et un portique soutenu par des colonnes de pierre. A ces découvertes s'ajoutèrent bientôt celles des thermes avec leur hypocauste (fournaux et bains souterrains). L'ancien Colombier fut-il détruit par les hordes alémanes qui prirent d'assaut Aventicum ? C'est fort probable. De nombreux tombeaux, sans doute burgondes, ont été découverts sur le Crêt-Mouchet.

De 1225 à la fin du XVIe siècle, Colombier fut une seigneurie. Trois familles nobles se partageaient primitivement la partie occidentale du pays: les familles de Colombier, de Vaumarcus et de Gorgier. Les Colombier furent, avec les seigneurs d'Estavayer, les avoués du prieuré de Bevaix.

Cette famille acquit à la fin du XVe siècle une haute position dans le comté. Antoine de Colombier fut en effet nommé gouverneur de l'Etat en 1476; homme prudent, il sut par ses conseils retenir le sire de Valangin et les Bernois qui voulaient, après la défaite de Charles le Téméraire, tenter une invasion de la Franche-Comté. Avec Antoine prit fin la lignée des seigneurs de ce nom. La seigneurie, alors fort importante, qui comprenait le fief de Savagnier, la terre de Cormondrèche, les territoires d'Areuse, de Brot, de Fretereules et une partie de Champ-du-Moulin, passa par alliance à la famille de Chauvirey, d'origine franc-comtoise.

Philibert de Chauvirey eut deux filles; l'aînée, Rose, épousa Jean-Jacques de Watteville, le futur avoyer de Berne, et la cadette, Isabelle, son frère Reinhard. C'est ainsi qu'une famille bernoise devint propriétaire de Colombier.

Les trois fils de Jean-Jacques de Watteville, Girard, Jacques et Nicolas, devenus coseigneurs de Colombier après la mort de leur père, résolurent de vendre leur fief; Berne allait en faire l'acquisition, lorsque Marie de Bourbon, tutrice de son fils mineur, Léonor d'Orléans, intervint et acheta en 1564 la seigneurie pour la somme considérable de 60'000 écus d'or (environ 522.500 francs or d'avant 1914).

L'acte le plus ancien concernant la Commune (mais intéressant au même titre Bôle et Areuse) est "l'accensement des bois banaux," situés au-dessus de Bôle. Il fut octroyé en 1356 par Louis, comte de Neuchâtel. Au cours des XVIle et XVIlle siècles, la Commune fut engagée dans de nombreux procès forestiers causés presque toujours par une délimitation incomplète ou arbitraire des domaines.

Le milieu du XVIle siècle fut une époque malheureuse pour la Commune. Elle avait cautionné Abram Mouchet qui, ayant sauvé la vie d'Henri ler d'Orléans-Longueville à la bataille d'Ivry (1579), reçut le titre de trésorier général et la recette de Colombier en récompense de sa bravoure. Mais à sa mort, il laissait un découvert de 140'000 livres ! Cette dette devait encore s'accroître avec son fils qui lui succéda. Ainsi en 1653 Colombier se trouvait débiteur de la seigneurie pour une somme de 290'000 livres !

En 1657, lors d'un séjour d'Henri Il d'Orléans-Longueville au Château de Colombier, les notables de la Commune se jetèrent à ses pieds, le suppliant de les soulager par un rabais au regard du cautionnement ci-dessus. Le Prince, les ayant entendus, leur dit : "Volontiers mes enfants, mais ne cautionnez plus", et se tournant vers le lac, étendant la main avec 3 doigts écartés, ajouta : "Vous planterez ici trois grandes allées aboutissant au lieu où je suis." Et ce fut l'origine de nos belles allées !

Les anciens seigneurs de Colombier possédaient des droits de moyenne et basse juridiction civile, et dès 1531 ceux de la justice criminelle. Cette juridiction était présidée, sous la haute surveillance du seigneur, par un maire assisté de douze justiciers. Cette Haute Cour de justice siégea au Château et subsista jusqu'au 16 février 1832. Dès cette date la juridiction civile fut réunie à celle de la Côte et la juridiction criminelle à celle de Neuchâtel.